Un 11 de julio de 1958 a las 19:00 horas en el salón de sesiones de la Ilustre Municipalidad de Coquimbo, la Asamblea de Socios de la institución aprobó la totalidad de los artículos del acta y estatutos que regirían los destinos del club, los cuales un 30 de agosto 1958 se reducen a Escritura Pública ante quien fuera Notario y Conservador de Coquimbo, don Juan Watkins O’Neill. Esta fecha se considera oficialmente como la fecha de fundación del club, aunque es importante mencionar que la tramitación final concluye el 20 de mayo de 1959 con el decreto que le da personalidad jurídica a la entidad pirata. Llegó febrero del 59 y solo quedaba esperar la resolución final. Todas las gestiones posibles para que Coquimbo Unido fuera aceptado en el fútbol profesional ya se habían realizado por parte de las autoridades locales. En la madrugada del sábado 7 de febrero de 1959 se conoció la noticia. La Asociación Central de Fútbol con 36 votos de los consejeros a favor aprobó al fin el ingreso de Club de Deportes Coquimbo Unido al fútbol profesional. La ciudad entera salió a las calles a celebrar tan esperado momento, desahogando la alegría contenida en los últimos tres años.
Entre Segunda, Primera, La Libertadores y la final (1959-2006)
Después de deambular entre la Segunda División (actual Primera B) y la Primera División entre los años 1960 y 1989, incluido un descenso a su asociación de origen en 1975, en el año 1990 consiguió el subcampeonato de Segunda División y obtuvo el ascenso a Primera para el siguiente año. En 1991 los aurinegros alcanzaron el subcampeonato con 39 puntos, a cinco del entonces campeón de la Copa Libertadores de América Colo Colo que ganó también el torneo chileno, y así entonces conseguir el mayor logro de Coquimbo Unido, su única participación de un club de la Cuarta Región en la Copa Libertadores. En la máxima competición continental compartió grupo con los albos, Universidad Católica y los argentinos de San Lorenzo y Newell's Old Boys, quedando últimos del grupo con tres puntos. Ese plantel muy bien conformado, estaba conformado por Pedro González, Cristián Olguín, Orlando Mondaca, los argentinos Víctor Hugo Amatti, Rubén Tanucci y Roberto Corro y el brasileño Ronaldo Moraes, entre otros.
Posteriormente a ese logro, Coquimbo Unido transitó por la medianía de tabla, pese a tener jugadores destacados en esos años, como Pablo Lenci, Luis Fuentes, Nelson Garrido, Sergio Gioino, Marco Antonio Cornez y Javier di Gregorio y entre otros. Hasta que en 2005, el club se instaló en la final del Torneo de Apertura, eliminando a Everton en el repechaje, a Cobreloa en Cuartos de Final y a Huachipato en Semifinales. En la llave de definición disputó el trofeo contra Unión Española. En la ida jugada en el Estadio Santa Laura los hispanos vencieron por 1-0 y en la vuelta jugada en Coquimbo, Unión ganó 3-2 quedándose con el título de campeones de Primera División. El plantel pirata de una de las mejores campañas de la historia del club tenía en sus filas a Luis Corvalán, Héctor Robles, Alí Manouchehri, Marcelo Corrales, Miguel Ángel Romero, Carlos Bechtholdt y Carlos Carmona, como principales figuras, todos dirigidos técnicamente por Raúl Toro.
El descenso y los once años en la Primera B (2007-2018)
El 31 de octubre de 2007, tras caer ante Ñublense en el Estadio Francisco Sánchez Rumoroso por el marcador de 0-1 y tras una pésima campaña en los certámenes de apertura y clausura, Coquimbo Unido bajó automáticamente a la Primera B, luego de 16 años de estar en la división de honor del fútbol chileno, aun faltando solo 3 fechas, para que terminase la fase regular de dicho torneo y descendió cuando tuvo fecha libre y particularmente, por el empate de Puerto Montt ante Antofagasta en La Pintana quedando Puerto Montt que se estaba salvando del descenso directo, aunque igual en la promoción perdió la categoría, con 31 puntos y restándole a Coquimbo que tenía 24 puntos y le quedaban 6 por jugar haciendo inalcanzable para el Aurinegro
El año 2008, el club accedió a la final por el subcampeonato de la Primera B de ese año, que definía al segundo equipo ascendido a Primera División. Enfrentó a Deportes Iquique, cayendo en el partido de vuelta que se terminó con una tanda de penales. Luego de perder la final, la última opción para ascender era jugar la liguilla de promoción con Universidad de Concepción, que le ganó los dos partidos por 2-0 y 3-1.
En el año 2013 nuevamente ven frustrada su opción de subir a la división de honor ya que caen en semifinales del Torneo de Transición ante la Universidad de Concepción. El año 2014 logra el campeonato de Clausura 2013/2014 y le permite jugar la liguilla por el Ascenso en la que lamentablemente cae ante San Luis en lanzamientos penales
El 19 de enero se produce la goleada más abultada en la historia de los Clásicos de la IV Region tras la victoria de Coquimbo por 4 goles a 0 a su eterno rival por el torneo 2013-14 de la Primera B Chilena. El 12 de julio de 2015 en la reapertura del Estadio La Portada tras la Copa América Chile 2015 vence por 2 goles a 1 a su tradicional rival el conjunto papayero, partido válido por la Copa Chile 2015.
Tras un mal Inicio de Campeonato 2016, no consiguiendo un triunfo en 17 fechas (Consiguió su primer triunfo de aquel torneo en la Jornada 18 tras imponerse por 3 goles a 1 a su similar de Santiago Morning). El Cuadro de la Cuarta Región tuvo que pelear el descenso en la última fecha, para no irse a Segunda División Profesional, ganando por 4 goles a dos a costa de Barnechea y de esta manera Coquimbo Unido mantenía la Categoría.
El ascenso a la Primera División (2018)
De la mano del DT Patricio Graff, el cuadro pirata obtuvo la primera posición de la Primera B 2018, retornando a la máxima categoría del balompié nacional tras 11 años jugando en la Primera B. Con los aportes del goleador del torneo, Rodrigo Holgado, el portero Matías Cano, Mario Pardo, Mauricio Yedro, Washington Torres, Yashir Pinto y el regreso de Alí Manouchehri, entre otros, Coquimbo Unido completó una gran campaña en el torneo, liderando sin contrapesos, desde la fecha 16 del torneo hasta la última jornada, pese a las amenazas constantes tanto de Cobresal como de Cobreloa, El BARBÓN ganó en su último partido contra Deportes Puerto Montt por 1-0 y obtuvo el título con 57 puntos, gracias a sus 17 victorias, 6 empates y 7 derrotas, logrando su cuarto torneo de Primera B, sumando los de 1962, 1977, Clausura 2014 y 2018.
